La Grande Guerre pour la suprématie du monde qui opposa les cinq races se solda par la victoire de l'humanité menée par le héros Sid. Mais soudain, le monde est "réécrit" sous les yeux du jeune Kai qui se retrouve projeté dans un monde dans lequel les humains ont perdu la Grande Guerre des cinq races. Afin d'en apprendre plus sur le mode de vie des spectres, Kai et ses camarades se rendent dans un nid, mais, à leur arrivée, les spectres ont déjà quitté l'endroit. Les soldats décident d'explorer les environs et ne tardent pas à apercevoir un Tombeau, une ancienne construction pyramidale dans laquelle les créatures des quatre grandes races étalent retenues prisonnières. Commence alors un combat qui va voir se transformer le paysage de toute la zone alentour...

Un jeune garçon dont l'existence a été effacée va tenter de remettre en place le monde tel qu'il était avant !