Optimierungsstrategien für das Docking flexibler Moleküle

Inhaltlich unveränderte Neuauflage. In den letzten Jahren ist strukturbasiertes virtuelles Screening zu einem wichtigen Schritt in der Erforschung neuer Wirkstoffe avanciert. Hier wird versucht, den Bindungsmodus zwischen einem Liganden, dem Wirkstoff, und einem Rezeptor, i.d.R. ein Protein, samt Bindungsaffinität am Computer vorherzusagen. Der Autor Axel Griewel gibt einführend einen Überblick über verschiedene Ansätze zur Lösung dieses Problems sowie eine Einführung in die algorithmischen Grundlagen des der Untersuchung zugrunde liegenden Programms FlexX. Anschließend wird ein Branch&Bound Algorithmus samt Suchstrategie für den inkrementellen Aufbau von Liganden in Rezeptortaschen vorgestellt. Die Evaluierung des Verfahrens erfolgt anhand von 169 Komplexen und zeigt eine hohe Genauigkeit bei der Platzierung der Liganden in der Tasche bei höherem Laufzeitbedarf. Des Weiteren wird eine Gegenüberstellung zu den Ergebnissen der k-greedy Strategie vorgenommen. Dieses Buch richtet sich an Forschende in der Chemie- und Bioinformatik sowie an Anwender von Tools zum virtuellen Screening in der pharmazeutischen Industrie.

Autorentext

Dipl.-Bioinf.: Studium der Informatik (B.Sc.) und Bioinformatik an der Universität Hamburg sowie der University of Queensland und der University of New South Wales, Australien. Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Algorithmisches Molekulares Design am Zentrum für Bioinformatik Hamburg.